После официального возрождения тюрьмы Алькатрас в 2025 году агенты вновь сталкиваются с загадочным феноменом: на острове начинают появляться преступники, исчезнувшие десятилетия назад — но теперь они помнят, что с ними случилось. Расследование уводит героев вглубь секретной правительственной программы, связанной с экспериментами над временем, памятью и идентичностью.